Na cirurgia metabólica ocorre o mesmo procedimento da cirurgia bariátrica. A diferença entre as duas é que a cirurgia metabólica visa o controle da doença. Já a cirurgia bariátrica tem como objetivo a perda de peso, com as metas para contenção das doenças, como o diabetes e hipertensão, em segundo plano.

O Conselho Federal de Medicina (CFM) normatizou que a cirurgia metabólica indicada para pacientes com diabetes mellitus tipo 2 se dará, prioritariamente, por bypass gástrico com reconstrução em Y-de-Roux (BGYR). Somente em casos de contraindicação ou desvantagem da BGYR, a gastrectomia vertical (GV) será a opção disponível. Nenhuma outra técnica cirúrgica é reconhecida para o tratamento desses pacientes.